出生医学证明至今共有6个版本，其内容不断充实，防伪性能不断增强。前四版的改版都是为了完善版面内容、增强防伪能力。第五版改为A4纸规格，竖排，便于计算机打印签发，推动了全国范围内打印签发替代手写签发，为出生医学证明信息化全国联网奠定了基础。第六版是因国家机构改革，国家卫生计生委更名为国家卫生健康委，第五版出生医学证明上印有“中华人民共和国国家卫生和计划生育委员会”字样，基于部委名称的权威性、严肃性需组织改版。
　　第一版：1996年1月1日（边远地区3月1日）开始启用，内芯采用专用图案水印纸印制，水印图形为齿轮标志；在紫外灯照射下显示“中国妇幼卫生”圆形标志，副页未印有与正页相一致的“出生编号”号码。
　　第二版：2000年1月1日启用，在“中国妇幼卫生”圆形标志右上方增加了一颗在紫外灯照射下显示的无色荧光“五角星”防伪标志。对第一版《出生医学证明》的个别文字进行了修改，将《出生医学证明》下方“出生编号”改为“出生证编号”，相应地将其英文翻译由“Birth No.”改为“Birth certificate No.”；《出生医学证明》右方英文版说明“china”中的小写“c”改为大写“C”，“身份证号”后的“□”，个数由原来的16个增加至18个。副页印有与正页相一致的“出生证编号”。
　　第三版：2003年1月1日启用，在原防伪印制技术基础上，水印图形改为齿轮中央环五角星。《出生医学证明》内芯增加存根联。
　　第四版：2004年12月1日启用，在副页、存根联出生证编号的号码上增加用检测板识别的电子水印防伪条码。
　　第五版：2014年1月1启用，版式改为A4纸规格，竖排3联（包括正页、副页和存根），取消原封皮和部委印章。背景采用“中国长城”图案，采用黑白水印、光学水印、光变油墨、全息洗铝定位烫印、微缩文字、彩虹印刷七项防伪技术。第五版取消原第四版正页上的卫生部印章，背面加上“中华人民共和国国家卫生和计划生育委员会监制”。
　　第六版：2019年1月1启用，在原防伪印制技术基础上，将出生医学证明（第五版）封底标注的“中华人民共和国国家卫生和计划生育委员会监制”字样更改为“中华人民共和国国家卫生健康委员会监制”，其他文字、格式以及所有防伪点均未作改动。